Nach einem Medizinstudium an der Universität Basel und einer Forschungsstelle an der medizinischen Fakultät der Universität Bern begann Markus Wagner seine chirurgische Ausbildung in Aarberg und wechselte danach an die Klinik für Viszeral- und Transplantationschirurgie des Berner Inselspitals. Dort erwarb er sich profunde Kenntnisse im gesamten Bereich der Abdominal- und Transplantationschirurgie sowie der minimalinvasiven Operationstechniken im Bauchraum. Nach einem zweijährigen Forschungsaufenthalt in den USA kehrte er zunächst ans Berner Inselspital zurück, bevor er für zwei Jahre eine Chefarztstelle im Spitalzentrum Oberwallis bekleidete. Seit mehreren Jahren ist er nun als Belegarzt an den Hirslanden Kliniken in Biel und Bern tätig. Neben der Allgemein- und minimalinvasiven Abdominalchirurgie gilt sein besonderes Interesse der endokrinen Chirurgie – insbesondere der Schild- und Nebenschilddrüse.